Form von Symbiose bei welcher die Hyphen in den Raum zwischen Zellwand und Plasma-Membran der Wurzelzellen eindringen. Mehr als 80 % aller Landpflanzen gehen eine symbiotische Beziehung mit diesen Pilzen ein, die häufigste Form ist die Endomykorrhiza. Diese Symbiose wird als mutualistisch bezeichnet, es findet ein Tauschhandel statt von welchem beide Partner profitieren. Die Hyphen entziehen Nährstoffe und Wasser versorgen als Gegenleistung die Pflanze mit Kohlenhydraten.